แผลที่เกิดในกระเพาะอาหาร เกิดจากเยื่อบุเมือกในผนังกระเพาะอาหารถูกทำลายโดยกรดและน้ำย่อยที่หลั่งออกมาเป็นจำนวนมาก ซึ่งอาจเกิดจากพฤติกรรมการกินอาหารไม่ตรงเวลา กินอาหารรสจัด การกินยาบางกลุ่มที่กระตุ้นการสร้างกรด เช่น กลุ่มแอสไพริน หรือยารักษากระดูกและข้ออักเสบบางชนิด 

  แม้แต่การสูบบุหรี่ก็เป็นสาเหตุของการหลั่งกรดในกระเพาะได้ หรืออีกสาเหตุการเกิดโรคแผลในกระเพาะอาหาร คือ การมีเชื้อแบคทีเรีย เอช ไพโลไรในกระเพาะอาหาร ซึ่งติดจากการดื่มน้ำหรือทานอาหารที่มีเชื้อนี้เข้าไป